Le marais de Larchant se situe à l’extrémité sud du massif forestier de Fontainebleau au sud-ouest du département de Seine-et-Marne, en limite ouest de la forêt domaniale de la Commanderie, à 8 km environ de la ville de Nemours.
Le marais (123 ha) s’étend au fond d’un « golfe » délimité à l’ouest par une côte escarpée (cuesta) descendant du plateau du Gâtinais, extrémité orientale de la grande plaine de Beauce, et ouvert à l’est sur la rivière du Loing, dont un méandre l’a probablement façonné autrefois. Le marais est directement bordé à l’ouest par les parcelles maraîchères du village de Larchant, et partout ailleurs, il est cerné par la forêt domaniale de la Commanderie. Au nord-est, les célèbres amoncellements de grès du massif de la Dame Jeanne, de l’Eléphant, de la Justice.
Du haut de la Ferme du Chapitre, la vue embrasse 60 m plus bas l’ensemble de la commune de Larchant : au premier plan, le village au plan typiquement médiéval surmonté par l’impressionnant clocher de l’église Saint-Mathurin, à l’arrière-plan, le marais, enserré dans la forêt.
Le marais occupe une dépression dont le fond varie de 61 à 66 m, barré à l’aval par un seuil de 82 m de sable et d’argiles qui le sépare du Loing. A l’est, une gouttière naturelle à 70 m, probablement l’émissaire d’un « lac de Larchant », dans laquelle un canal fut creusé au XVIIe siècle, la « rivière sèche », pour évacuer les eaux vers le Loing. Mais son seuil à 68 m est trop haut pour être l’exutoire d’un marais dont le plus haut niveau historique n’a pas dépassé 66 à 66,5 m.